Para comprender la Guatemala que surgió después de la guerra, es necesario hacer un breve paréntesis para explicar las «tandas» dentro de las filas del Ejército y sus consecuencias para la vida política del país.

El Ejército de Guatemala, a diferencia de sus pares centroamericanos, no desarrolló en profundidad el fenómeno de la férrea lealtad entre promociones durante los años de lucha armada. Esto se debió, entre otros motivos, al golpe de Estado que derrocó a Lucas García en marzo de 1982. Ante esta situación, «compañeros de clase de la academia militar y amigos hasta por 20 años, se encontraron repentinamente en diferentes bandos» (National Security Archives 1991a).

Al golpe de Estado se sumó que, a finales de los años setenta, el Ejército entendió que los mejores oficiales dentro de los rangos de capitán a coronel debían ser destinados a trabajos de inteligencia o a la planificación de operaciones tácticas. Esta decisión tenía la finalidad de explotar mejor sus talentos. El nuevo enfoque cambió la estructura interna del Ejército, pues la Dirección de Inteligencia —D-2— se convirtió en una especie de club selecto al que solo ingresaban los oficiales considerados brillantes.

También surgió un segundo club, el de los «operativos». Estos eran, de igual manera, oficiales jóvenes con talento a los que se reclutaba para servir en operaciones clave y en comando de tropas. Las posiciones estaban relacionadas con la planificación y conducción de operaciones contrainsurgentes. Ambos grupos crearon redes verticales de lealtades que se encontraban fuera de la estructura formal del Ejército, construyendo una red paralela de fidelidades que no dependía del escalafón ni del grado militar.

El club de inteligencia llegó a conocerse como «la cofradía» y se convirtió en una efectiva respuesta a la lucha contrainsurgente. Su trabajo y las circunstancias especiales forjaron la más fuerte de las redes de lealtades, circunstancia que se extendió por décadas. La cofradía superó los años de la guerra y continuó en funcionamiento, incluso cuando algunos miembros pasaron a situación de retiro.

Al mismo tiempo que la guerra iba bajando de intensidad, la red de inteligencia dejó a un lado sus labores contrainsurgentes y comenzó a infiltrarse dentro de los órganos del Estado, para ganarse la vida luego de una virtual firma de la paz. Se supo que la red llegó a controlar el contrabando, el robo de furgones de café, el tráfico de migrantes ilegales, el robo de vehículos, los secuestros y los asaltos a los bancos, entre otros actos ilícitos.

Durante el gobierno de Álvaro Arzú se dio un relativo golpe duro a la estructura. Se detuvo a Alfredo Moreno, llamado «capo del contrabando», y se encontró información sobre la red criminal: archivos documentales, archivos digitales, fotografías, organigramas y cheques. El escándalo provocó que muchos militares solicitaran su baja del Ejército, con el objetivo de bajar el perfil y desaparecer de la vida pública. Sin embargo, pese al fuerte impacto inicial, las investigaciones no dieron los frutos esperados.