El año 1990 inició con un repunte de las acciones militares de la guerrilla en el altiplano central, con el propósito de llamar la atención de la comunidad internacional. El Ejército preparó el plan estratégico «Avance 1990», para retomar las operaciones en las áreas de concentración de la guerrilla. Se buscaba debilitar a las Comunidades de Poblaciones en Resistencia, base popular remanente de la URNG, y obligar a las menguadas columnas guerrilleras a desgastarse. Esta fase de la guerra fue un reajuste para ambos bandos, quienes buscaban ganar posicionamiento en el marco de las negociaciones de paz. Las presiones para la resolución del conflicto provenían tanto de actores locales como de la comunidad internacional. Un claro ejemplo de esto fue la inclinación que tenía la URSS por una solución política negociada y no por la victoria militar.

Durante el mes de febrero, se evidenció que la guerrilla acercaba sus acciones ―o al menos pretendía hacerlo― a la ciudad de Guatemala. La intención de esta movilización era aumentar la presión político-militar y estimular la activación de los sectores populares urbanos. La respuesta del Ejército fue contundente, pues su prioridad era mantener aisladas a las fuerzas guerrilleras en las zonas remotas de su repliegue. El escenario era notoriamente desfavorable para la lucha insurgente. 

El año 1990 también hizo palpable la complejidad de la situación que vivía Guatemala ante el reordenamiento de las rutas de trasiego de droga o del cultivo de la misma. Durante ese año, la DEA hizo denuncias en contra de la guerrilla y la acusó de proteger a grupos productores de droga o de producirla ellos mismos. La respuesta de la guerrilla fue contundente. Negó que sus organizaciones revolucionarias estuvieran vinculadas con el negocio de las drogas y denunció que las operaciones de la DEA no eran más que una pantalla para apoyar logísticamente al Ejército en la lucha contrainsurgente. Pablo Monsanto, comandante de las FAR, emitió un comunicado acusando a funcionarios del Gobierno de ser ellos quienes estaban involucrados con los carteles internacionales.

Esas acusaciones resultaron luego en una verdadera carga de profundidad lanzada en contra del Gobierno, de quien se rumoraba que había sostenido reuniones con Pablo Escobar, líder del Cartel de Medellín. La exactitud de las denuncias sobre las áreas de cultivo de la droga provocó una verdadera crisis política que hizo trastabillar al Gobierno saliente de Vinicio Cerezo.

En el escenario internacional, el gobierno de Vinicio Cerezo alcanzó un logro significativo. El 30 de marzo de 1990, tras tres días de intensas negociaciones, se firmó en Noruega, entre la comandancia de la URNG y la Comisión Nacional de Reconciliación —CNR—, el Acuerdo de Oslo en el que se daba inicio al proceso político de negociaciones para buscar el fin del enfrentamiento armado.

Se hizo evidente que la posición interna de la URNG se encontraba dividida. La comandancia general de la URNG había anunciado el cese de los ataques durante la Semana Santa de 1990, pero el Ejército informó de, al menos, 26 acciones guerrilleras. Con esto, se puso en duda el verdadero liderazgo de la comandancia. Adicionalmente, el PGT hizo un llamado a la URNG mediante un comunicado en el que pedía lograr un acuerdo interno antes de negociar con terceros, haciendo alusión a la calendarización de negociaciones a partir del Acuerdo de Oslo.

A pesar del aparente debilitamiento de la posición interna de la URNG, en mayo iniciaron las rondas de negociaciones entre esta y los 19 partidos políticos legalmente constituidos en Guatemala. El producto fue un nuevo acuerdo «donde se plantearon reformas constitucionales para fortalecer el proceso de democratización sobre la base de cambios institucionales y jurídicos. El Gobierno calificó de positivo el encuentro, aunque recordó que no se negociaba con gente armada y reafirmó como condición básica la amnistía y la deposición de las armas» (CEH 1999, 216). La agenda de las siguientes reuniones con la URNG ocupó el resto del año: en Canadá, se reunieron con el CACIF; en Ecuador, se reunieron con siete denominaciones religiosas, y, en México, se reunieron con la Instancia Multisectorial.

En noviembre de ese año, se celebraron las elecciones generales en las que resultó ganador Jorge Serrano Elías, candidato del reciente creado partido Movimiento de Acción Solidaria —MAS— y reconocido por su trabajo a la cabeza de la CNR. A pesar de su rol durante los últimos meses, Serrano Elías era considerado un outsider de la política. Las elecciones se celebraron sin incidentes, pese a que la URNG hizo un llamado para no votar, con el argumento de que las elecciones no resolverían los problemas del país.

El 14 de enero de 1991, asumió la presidencia Jorge Serrano Elías. La guerra siguió su curso a un bajísimo nivel, con esporádicas acciones en el altiplano occidental y central. Durante ese año se ejecutó el «Plan de Campaña Fortaleza 91», cuyo objetivo era asegurar el inicio del nuevo Gobierno y mantener la presión operacional para agilizar el proceso de paz.

Mientras tanto, el proceso de negociación parecía no avanzar, pese al trabajo de la CNR. El nuevo jefe de la Comisión, Manuel Conde, y la periodista Teresa de Zarco intentaron mantener a flote las negociaciones. En abril de ese año, el presidente Serrano presentó la «Iniciativa para la Paz Total de la Nación», con la que pretendía retomar el diálogo formal con la URNG. En un clima de obvia desconfianza, se retomaron las negociaciones en México. El producto de esta nueva iniciativa fue el llamado «Procedimiento para la Búsqueda de la Paz por Medios Políticos». En julio, las delegaciones se reunieron de nuevo en México, para discutir temas puntuales de la agenda, como la democratización y los derechos humanos. Al parecer, según lo que apunta el comandante Pancho, el detonante que hizo al Gobierno retomar las negociaciones de paz en México fue la toma de la ciudad de Escuintla: «Por primera vez en Guatemala la lucha guerrillera irrumpía en los principales centros urbanos» (Palma Lau 2010, 187).

A finales de 1991, la URNG decide crear el Frente Unitario, para reforzar las actividades guerrilleras en el altiplano y no abandonar un escenario que tenía mucha publicidad. Sin embargo, la conformación de esa columna guerrillera mixta tuvo fatales consecuencias. Debido a que la comandancia general estaba divorciada de la realidad de la guerra que padecían sus combatientes, elaboró un plan que acabó obligándoles a replegarse. La consecuencia del cerco militar fue el desgaste físico y psicológico de la guerrilla, que se vio constantemente hostigada por el gran número de fuerzas militares desplegadas en el área.

El 20 de febrero de 1992, inició una nueva ofensiva del Ejército en la costa sur, una continuación del plan ejecutado en 1991. Lo que se pretendía era mantener el control sobre las áreas de operación de la ORPA. En contraste, la guerrilla tomó la decisión de variar su estrategia y se mantuvo en los alrededores de las poblaciones —en pleno altiplano occidental— sin replegarse a las montañas para buscar protección. La operación guerrillera en este ambiente suburbano, lejos de la protección de la selva o la montaña, fue un campo de ventaja para el Ejército, que demostró su alta capacidad de adaptación a las nuevas condiciones de operación de la URNG. De esta forma, el cerco militar se fue cerrando y se limitó cada vez más la capacidad táctica de la guerrilla.

Ante el estrecho cerco militar y tras el fracaso de la opción de las armas, el desencanto se apoderó de los militantes de las organizaciones guerrilleras, que vieron esfumarse el sueño de tomar el poder. Las negociaciones de paz, que a veces avanzaban con lentitud, garantizaron la pérdida de capacidad militar de la guerrilla. En este ambiente, se dio una importante deserción en la guerrilla: Danilo Rodríguez, histórico militante de las FAR, donde estuvo más de 20 años, decidió apegarse a la amnistía otorgada por el Gobierno. La noticia fue recibida con reserva, y mientras unos lo criticaron por desertor, otros lo acusaron de ser una vanguardia que preparaba el trabajo político de la URNG.

En septiembre de 1992, el Ejército volvió a golpear duramente a la ORPA. Tras meses de pequeños encuentros, se desplegó una compañía de paracaidistas en las faldas del volcán de Agua, con la intención de destruir los campamentos de los guerrilleros que se habían refugiado tras las acciones de la costa sur.

En 1993, el presidente Serrano Elías, para librarse de la presión de las Naciones Unidas para dialogar con la guerrilla, aprovechó el informe anual de su Gobierno para trasladar la responsabilidad a la comandancia de la URNG. Afirmó que el Gobierno estaba de acuerdo con aceptar «la verificación inmediata de los acuerdos sobre Derechos Humanos, siempre y cuando la guerrilla demuestre sus intenciones de no continuar la guerra» (Shetemul, Tárano y Blanck 1996, 19). Asimismo, propuso un plazo de 90 días para lograr un acuerdo para una paz firme y duradera. La respuesta llegó de manos de Miguel Ángel Sandoval, miembro de la Comisión Internacional de la URNG, quien

no solamente aceptó lo sustancial de la propuesta de Serrano, sino que también lanzó un contraataque [...]. La exigencia de reducir hasta en un 50 por ciento las fuerzas castrenses, la depuración de oficiales militares con récord de violaciones a los Derechos Humanos y la desarticulación inmediata de las patrullas civiles. (Shetemul, Tárano y Blanck 1996, 19)

Las exigencias de la URNG, un contrincante debilitado casi hasta la desaparición, eran tan desmedidas y difíciles de aceptar para el Ejército que consideraba podía ganar el enfrentamiento por la vía militar, sin recurrir a la firma de la paz en el corto plazo.

El mes de abril fue testigo de otro distanciamiento entre la URNG y el Gobierno, pues se filtró al diario Siglo Veintiunoun documento que contenía la guía de la posición de los revolucionarios ante las negociaciones de paz. En este se leía que, dentro de la URNG, la posición frente a las conversaciones no era granítica y que, mientras la ORPA y las FAR estaban convencidas de continuar con las negociaciones, el EGP mantenía una posición radical y militarista. Por eso, este último consideraba innecesario hacer concesiones, lo que entrampó continuamente las negociaciones.