Tras la caída de Árbenz, se impuso en Guatemala la idea de que era necesario robustecer las fuerzas armadas, con el objetivo de prepararlas para enfrentarse a nuevos tipos de amenaza. Con este propósito, se inició, en 1954, un plan que contempló varias medidas:

• la adquisición de vehículos de doble tracción, carros blindados y aviones de combate P-51 que habían sobrado de la Segunda Guerra Mundial;
• el recibimiento de una donación de cinco millones de dólares destinada a ser invertida en defensa;
• y el entrenamiento de ciertos miembros del Ejército guatemalteco en instalaciones militares de Estados Unidos.

Este último punto formó parte de una estrategia fundamental: el intercambio de oficiales entre los ejércitos de Guatemala y Estados Unidos. Como resultado, mientras algunos oficiales guatemaltecos viajaban a Estados Unidos o a la zona del Canal para adquirir conocimiento sobre organización, planeamiento, administración y mantenimiento, llegaban a Guatemala instructores militares que formaban a los oficiales en el marco de la Doctrina de la Seguridad Nacional. Pero ¿de qué trataba esta doctrina?

La Doctrina de la Seguridad Nacional fue un nuevo enfoque surgido en el siglo XX acerca de la guerra moderna, que provenía originalmente de Francia y que posteriormente dio el salto a Latinoamérica. Fue en Argentina donde los militares estadounidenses entraron en contacto con sus ideas y, a partir de entonces, las adoptaron e integraron en la formación que daban en sus propias escuelas y en aquellas en las que instruían a miembros de los ejércitos latinoamericanos.  

A raíz de este cambio en la concepción de la guerra, Estados Unidos impulsó en Latinoamérica programas de asistencia que abordaban dos ámbitos:

• la seguridad, con planes de asistencia militar;
• y el desarrollo, con planes de acción cívica.

Tras el levantamiento del 13 de noviembre, en 1960, el primer programa de acción cívica llegó a Guatemala y, con él, comenzó un adiestramiento militar específicamente enfocado en la guerra de guerrillas. Sin embargo, esta nueva relación entre Estados Unidos y Guatemala no estuvo exenta de tensiones. Por ejemplo, entre el presidente de Guatemala y los presidentes Eisenhower y Kennedy hubo diferencias derivadas de la renuencia de Ydígoras a dejar vía libre a Estados Unidos en la lucha contra los grupos insurgentes. Peralta Azurdia, su sucesor, mostró la misma desconfianza, llegando al extremo de señalar la ayuda estadounidense como una forma de intervención extranjera en el país y de expulsar al director de USAID.

De la misma manera que el Ejército de Guatemala vivió momentos de cambio, la Policía Nacional también se modernizó. En el mismo contexto de colaboración con los Estados Unidos, se creó en 1956 la Dirección General de Seguridad Nacional —DGSN—, una especie de servicio secreto. Los esfuerzos de mejora de esta institución se centraron en aspectos como el desarrollo de habilidades vinculadas a la investigación, el manejo de métodos científicos, las técnicas de interrogación y el manejo y la obtención de información por medio de fuentes no oficiales.

La DGSN dependía del Ministerio de Gobernación y, para desarrollar mejor sus funciones, fue dividida en cuatro departamentos:

• el Departamento de Seguridad;
• el Departamento Judicial;
• el Departamento Jurídico;
• y el Departamento Administrativo.

Sus miembros vestían de civiles, lo que les permitía no ser reconocidos por el uniforme, y eran llamados coloquialmente «los judiciales». A medida que la institución se iba sofisticando, los cambios continuaron: 

• en 1959 se crea una oficina de archivos policiales que permitía rastrear historiales criminales;
• en 1960 se incorpora la estructura de la Policía judicial a la Policía Nacional, con sus dudosas prácticas incluidas;
• en 1967 se reorganiza el archivo policial de tal forma que permitiera encontrar los historiales, buscando por apellido o por delito cometido.

Durante la presidencia de Kennedy, Estados Unidos creó en la zona del Canal —Panamá— la Academia Interamericana de Policía, que posteriormente se trasladó a Washington como Academia Internacional de Policía. En 1964, Alfred Naurocky, quien trabajaba como asesor de este programa, apoyó al presidente de Guatemala a crear una unidad de inteligencia que permitiera la colaboración de diferentes fuerzas en operaciones conjuntas. Se la llamó Agencia Presidencial de Inteligencia y tenía su sede en la propia Casa Presidencial.

Los estallidos de violencia en las ciudades durante 1965 llevaron a considerar la necesidad de que la Policía Nacional aprendiera estrategias para enfrentar disturbios urbanos. Fue el experto John P. Logan quien, según algunos autores, introdujo la idea de compartimentar la ciudad, con el objetivo de buscar reductos guerrilleros y casas de seguridad. De nuevo, el presidente de Guatemala, Peralta Azurdia, mostró sus reticencias a la injerencia de Estados Unidos en las operaciones policiales dentro del país, pero la situación cambió con rapidez con la llegada de nuevas figuras políticas:

• Julio César Méndez Montenegro sustituyó a Peralta Azurdia como presidente de Guatemala;
• se nombró a un nuevo embajador de Estados Unidos en Guatemala, que llegó con la intención de acentuar la lucha contra el comunismo;
• el coronel Manuel Francisco Sosa Ávila, partidario de la sujeción de la Policía al Ejército, fue nombrado viceministro de Defensa.

Como esfuerzos armados complementarios, aparecieron también grupos paramilitares que nacían en consonancia con las ideas de la Doctrina de la Seguridad Nacional, acerca del papel de la sociedad civil en el contexto de los retos de la guerra moderna: los ciudadanos debían poder participar en su propia defensa. Algunas de las organizaciones que ejemplifican esta postura fueron la Nueva Organización Anticomunista —NOA—, la MANO y el Consejo Anticomunista de Guatemala —CADEG—. Grupos como estos contribuyeron a la escalada de violencia vivida desde 1966, hasta tal punto que se le atribuye al Ejército el asesinato del líder de la MANO, Jorge Córdova Molina, en un intento de hacerse con el control de la situación. A partir de esta ejecución, el coronel Sosa Ávila pasó a controlar en gran medida estas organizaciones.

El equivalente de estos grupos —en el sentido de población civil— en el área rural se materializó en la conversión de los Comisionados Militares en una figura más de la contrainsurgencia. Aunque el comisionado no era un actor nuevo —había sido creado por Ubico en la década de los treinta— ahora adquirió nuevos roles vinculados con la adquisición de inteligencia y de reclutamiento para las filas del Ejército. Este posicionamiento convirtió a los comisionados en objetivos de la guerrilla, que llegó a asesinar a varios de ellos por su papel como informantes del Ejército.