Tras la caída de la Unión Soviética y el desprestigio del marxismo clásico, el indigenismo, al igual que otras teorías políticas de la época, buscó otros puntos de referencia. De esta forma, ideas como el multiculturalismo, la teoría de la descolonización o la noción de buen vivir entraron a formar parte del discurso político indigenista. Este neo-indigenismo promovió cambios y reformas institucionales en muchos países de América Latina. Al contrario del indigenismo clásico, que buscaba la integración cultural, este buscó el establecimiento de derechos culturales específicos y la obtención de formas de autonomía política. Estas movilizaciones rechazaron la noción de ciudadanía basada en derechos individuales homogéneos para todos, y formaron parte de un proceso internacional que buscó la protección de los derechos de los «pueblos originarios».