Según relata el general Gramajo (1995), uno de los primeros compromisos que adquirió el Ejército de Guatemala con el nuevo Gobierno fue realizar un nuevo análisis de la situación. La intención última era evaluar y determinar si la estrategia en marcha era la más adecuada para conseguir el objetivo de vencer a las guerrillas. Esta tarea implicó los siguientes pasos:

actualizar las apreciaciones de la situación social, militar, económica y política del país; así como también [...] estudiarse las estrategias de los oponentes insurgentes, las presiones dominantes del extranjero, las amenazas, y elaborar hipótesis de conflicto del Estado. (Gramajo 1995, 178)

El resultado fue la llamada «Tesis para la Estabilidad Nacional», a través de la cual el Ejército adoptó una visión de conjunto, que integraba razones políticas y económicas para el enfrentamiento armado y ensayaba posibles soluciones más allá de la opción militar. Lo que este cambio planteó fue «pelear una guerra en todos los frentes: militar, político y sobre todo social y económico» (Gramajo 1995, 181). Uno de sus principales efectos fue el Decreto 44-82, en el que se dispuso la movilización parcial del Ejército en todo el país. En este documento también se propuso la inmediata apertura política a través de una convocatoria electoral en un periodo prudente.

El 12 de mayo de 1982, estalló una nueva crisis con la ocupación de la Embajada de Brasil por miembros del CUC. En esta ocasión, el Gobierno enfrentó la situación con una perspectiva distinta a la del incendio de la Embajada de España: permitió a los ocupantes realizar una conferencia de prensa para leer sus manifiestos y les concedió un salvoconducto para ir a México. El efecto de propaganda fue contundente, pues quitó todo el protagonismo al CUC y al EGP, y lo centró en Ríos Montt.

La guerra en el área rural siguió su curso y se registró una intensificación de actividades guerrilleras del EGP en el área Ixil. En respuesta, el Ejército movilizó recursos para iniciar una campaña de acercamiento que permitiera ganarse el apoyo de la población. Parte de esta estrategia fue nombrar comandantes de distintos destacamentos militares a quienes eran oriundos del área. El objetivo era ganarse la confianza de los civiles, llevándoles alimentos y ayudándolos en tareas de reconstrucción. Con base en esto, las tareas de contrainsurgencia pasaron a ser responsabilidad de todo el Gobierno y no solo del Ministerio de la Defensa (Asturias Montenegro 1995).

Dentro de los cambios estratégicos del Ejército, destacaron tres programas que cambiaron la forma en la que los militares se relacionaban con la población local en aquellas áreas del altiplano occidental que se veían afectadas por la guerra:

1. el «Programa Fusiles y Frijoles» buscaba garantizar la seguridad alimentaria de la zona e involucrar a la población en las tareas de vigilancia de sus propias comunidades;
2. el «Plan Techo, Tortilla y Trabajo» buscaba involucrar a los jóvenes de las comunidades en el trabajo de obras públicas rurales del Gobierno;
3. y el «Plan Pico y Pala» consistía en dar alimento a cambio de trabajo, involucrando a las poblaciones en obras de desarrollo rural.

El «Programa Fusiles y Frijoles» echó a andar en los primeros días de agosto de 1982. Como parte del primer pilar del plan, las columnas de soldados se internaron en las comunidades para entregar, de puerta en puerta, las raciones de alimentos. El segundo pilar buscaba incrementar el número de efectivos disponibles para el Ejército, mediante la liberación de ciertas actividades militares que se pudieran delegar en otro tipo de fuerzas de carácter temporal. Esto dio paso a la creación de las Unidades de Autodefensa Civil.

Parte de la nueva estrategia buscaba fomentar una relación más cercana entre la población y el Ejército. Para ello, el Gobierno otorgó una nueva amnistía general el 1 de junio de 1982. El propósito era que aquellos militantes de las guerrillas que lo desearan pudieran reintegrarse a la legalidad, comprometiendo así la existencia de las FIL, las UMP y los CCL.

Este acercamiento del Ejército con la población permitió que algunos vecinos de las aldeas cercanas a Chajul se presentaran al destacamento militar para solicitar armas y entrenamiento para defender a sus comunidades de las guerrillas. Es importante mencionar que el reparto de armas en las zonas del conflicto exigía un uso responsable de estas y el control por parte del Ejército. Por esta razón, se emitieron normas que debían respetar tanto los militares como sus auxiliares civiles.

Para reforzar el efecto de la publicación de la amnistía, se montó una campaña para alcanzar a la mayor parte de la población que vivía en las zonas de operación de la guerrilla. Se montaron altoparlantes en los aviones militares que reproducían mensajes invitando a la población a acogerse al nuevo decreto. De igual forma, se lanzaron volantes y se instalaron grandes mantas con mensajes. Asimismo, las consignas publicitarias se extendieron a la radio, la televisión y la prensa escrita. La amnistía general tuvo un impacto significativo dentro de la población a la que el EGP consideraba su base de apoyo. Alrededor de 9000 simpatizantes de la guerrilla se acogieron a ella, regresando a sus hogares y reinsertándose en actividades económicas del área. El ejercicio de otorgar amnistía se repitió nuevamente en los meses de abril y mayo de 1983.

El Ejército cambió también el enfoque de sus operaciones militares. Apostó por un esquema de «Ejército de integración», apartándose del «Ejército de ocupación». La nueva estrategia demandaba la presencia permanente de la fuerza militar en determinadas zonas de operación, integrándose a la población, ganándose su confianza y logrando su colaboración. Se realizaron acciones de recuperación, como el restablecimiento de destacamentos militares en distintas zonas. La noticia del regreso del Ejército corrió y varios pobladores volvieron, desde las montañas y algunos campamentos de refugiados, a sus poblaciones originarias. Los destacamentos lograron organizar Patrullas de Autodefensa Civil en estas zonas.

En su fase inicial, las PAC estaban compuestas por alrededor de 300 mil elementos organizados en 850 comunidades en zonas de guerra. Más adelante, «el Ejército llegó a contabilizar más de un millón de patrulleros. [...]Lo cierto es que se convirtieron en un serio tropiezo para los insurgentes» (Castro 1992, 9). El EGP perdió alrededor del 70 % de sus FIL y las bajas del Ejército decrecieron en un 50 %. 

Los miembros de las PAC asumieron las funciones de autodefensa, entrenamiento físico, empleo básico de armas defensivas, medidas de seguridad, manejo y procedimientos requeridos para optimizar su relación con el Ejército. «Las PAC no fueron, como muchas veces se ha expresado, una organización paramilitar, en el sentido técnico de la palabra [...] actuaron como una organización cívico-política» (Mérida 2006, 120). Por su despliegue en las zonas de actividad guerrillera, se convirtieron en un blanco primordial. Según un recuento realizado por Megan Thomas (2013), entre los meses de julio y septiembre de 1982, tan solo en Huehuetenango, el EGP asesinó entre 150 y 180 miembros de las PAC.

De acuerdo con los análisis coyunturales realizados por el Estado Mayor General del Ejército, se formuló el plan de operaciones «Victoria 82». Este buscaba recuperar el control de los territorios dominados por la guerrilla y romper su base popular. Sin embargo, las constantes acusaciones y denuncias de masacres perpetradas por tropas del Ejército en contra de la población civil pusieron en evidencia que los nuevos imperativos del Ejército no habían logrado eliminar la violencia en las áreas rurales del país.

Ante la contundente ofensiva que lanzó el Ejército en el área Ixil, el EGP se replegó a sus zonas de seguridad en Alta Verapaz y abandonó a la población a la que se había comprometido a apoyar. De forma contradictoria, pero funcional, la brutalidad del Ejército se convirtió en la mejor razón para colaborar con él. De acuerdo con David Stoll (1993), «la gente se hizo absolutamente consciente de que era la forma de organizar del EGP la que provocaba la furia del ejército y de que las guerrillas no estaban protegiéndolos de los soldados como habían prometido» (179).

El feroz embate del Ejército en las áreas de operación del EGP provocó la desbandada. Unos buscaron la protección de la lejanía y huyeron hacia México. Por otra parte, quienes decidían huir de las áreas de conflicto, pero permanecer en Guatemala buscando la protección del Ejército, fueron consignados a las «Aldeas Modelo». Estas componían áreas bajo control militar que se llamaban «Polos de Desarrollo». Se pretendía que funcionaran como un ejemplo de desarrollo para quienes dudaban de ponerse bajo la protección militar.