Durante los primeros años de la década de los sesenta, el Ejército avanzó en su reestructuración por medio de la creación de unidades especializadas en la lucha contrainsurgente. Estas funcionarían como fuerzas auxiliares de las fuerzas regulares. De 1963 a 1966, el número de efectivos del Ejército se duplicó. Según el REMHI (1998), para 1966, «estaban preparadas para entrar en acción la primera compañía aérea, las tropas formadas según el modelo de los Rangers, la primera compañía de Kaibiles y una fuerza conocida como destacamento C-T (contra-terror)» (50).

Sumado a esto, el Ejército creó una nueva fuerza para patrullaje del área rural llamada Policía Militar Ambulante, y reforzó el cuerpo de Comisionados Militares. Ambas estructuras permitieron que el Ejército consolidara una red de inteligencia rural que resultaría clave para la estrategia contrainsurgente. Al analizar los hechos de 1964 y 1965, se percibe que, aunque la guerrilla llevaba a cabo acciones cada vez más osadas, el Ejército iba mejorando en sus acciones de respuesta y en sus planes de prevención. La captura masiva de la cúpula del PGT, en 1966, fue un claro ejemplo de ello.

En 1966, se celebraron elecciones en el país, resultando ganador de la presidencia Julio César Méndez Montenegro. Dentro del Ejército, surgió un clima de desconfianza hacia el presidente electo, debido a la intensificación de los ataques guerrilleros. Se decidió condicionar la entrega del poder a un pacto secreto, en el que se establecía que Méndez Montenegro podría asumir la presidencia si entregaba al Ejército el control total de las operaciones contrainsurgentes. Según Michael McClintock (1987), estos eran los tres puntos en los que se resumía el pacto:

1. 1. The internal affairs of the military were not to be meddled with; 
   2. the government could govern, but could not alter certain laws or diverge from certain anti-Communist policies, and 
   3. the war against subversion was to remain under strictly military control (78).

Entre 1966 y 1967, el Ejército tuvo una racha de éxito en sus operaciones militares. Esto se debió a tres factores:

1. la estrecha colaboración con las fuerzas especiales del Ejército de Estados Unidos, por medio de asesores estadounidenses que participaban en operaciones militares y sociales;
2. la colaboración de los miembros de las guerrillas que compartieron información tras ser capturados;
3. y el intercambio de experiencias con combatientes estadounidenses que participaron en Vietnam.

Gracias a estos factores, el Ejército disponía de información detallada sobre la actividad guerrillera. Así fue estrechando el cerco de defensa a las columnas rebeldes que operaban en el área rural, mientras planeaba golpes a las estructuras urbanas de apoyo.

La campaña contrainsurgente de 1966 y 1967 se basó en la profesionalización y modernización de las fuerzas armadas, junto al programa de asistencia militar de Estados Unidos. Este último logró mejorar sustancialmente la capacidad operativa del Ejército en el área rural y la de la Policía en los centros urbanos. De hecho, la ofensiva en el campo de operaciones de las FAR, en Sierra de las Minas y sus alrededores, redujo la capacidad militar de la guerrilla, provocando su repliegue hacia la ciudad. Como consecuencia, se incrementaron las operaciones en el centro urbano, intentando liberar la presión y desviar la atención del campo. En respuesta, la ofensiva militar y policial se trasladó también a la ciudad y dirigió sus operaciones en contra de los comandos urbanos de las FAR, conocidos como «La Resistencia».

En 1970, el general Arana Osorio asumió la presidencia de Guatemala con un discurso centrado en combatir a la guerrilla hasta las últimas consecuencias. La respuesta de las FAR fue ejecutar nuevos asesinatos y secuestros. Como respuesta al aumento de los actos de la guerrilla, el Gobierno declaró el estado de sitio en todo el país, cerrando las vías de acceso y realizando cateos para capturar a miembros del PGT. Este tipo de respuestas ante las acciones de la guerrilla fue debilitando cada vez más la capacidad militar de las organizaciones.

1971 fue clave para la derrota de la primera generación de la guerrilla. Si bien seguían existiendo actos violentos por parte de las FAR, el PGT y el MR-13, su frecuencia era mucho menor. De 1972 a 1974, a pesar de que se reportaron algunas acciones guerrilleras y algunos atentados con bombas, no parece que ninguno de los actos violentos fuera especialmente significativo. Para finales de 1974, se puede afirmar que la primera generación de la guerrilla había sido derrotada.

En la primera mitad de la década de los sesenta, el programa de ayuda y asistencia militar de los Estados Unidos brindó al Ejército guatemalteco entrenamiento y aeronaves. La ayuda norteamericana permitió que las fuerzas armadas tuvieran mejor equipo y mejores capacidades operativas. Esto último se debió en gran parte a los entrenamientos y asesorías directas que prestaban algunos asesores de seguridad del Departamento de Estado de Estados Unidos.

En 1966, John P. Longan, jefe de la Asesoría de Seguridad Pública en Venezuela, realizó una visita a Guatemala. El asesor norteamericano se comprometió a elaborar un plan para la embajada que sería recomendado al presidente Peralta Azurdia. A raíz de esto, el presidente decidió explicar la situación a la población, por medio de una cadena nacional televisada y afirmó que el plan recomendado se implementaría de inmediato.

Los asesores norteamericanos, preocupados por los efectos negativos en la población civil al actuar como un ejército de ocupación, recomendaron dos formas de mitigar las consecuencias:

1. la ejecución de programas de acción cívica; 
2. y la implementación de un esquema de separación de las actividades militares de las policiales.

En 1966, un informe de la NSA recomendaba al Gobierno mejorar el entrenamiento de los grupos contrainsurgentes, invitándoles a asistir a la Escuela de Las Américas del Ejército de Estados Unidos. Estos entrenamientos adicionales buscaban fortalecer la organización y el funcionamiento de los comandos de contrainteligencia. Asimismo, se les enseñaba técnicas de interrogatorio y de investigación, para aumentar las capacidades de inteligencia.

A mediados de la década de los sesenta, la violencia iba en aumento. Esto se debía, en parte, a las acciones de la guerrilla y al surgimiento de los llamados «escuadrones de la muerte», compuestos por miembros de las fuerzas de seguridad, exiliados cubanos, entusiastas violentos y guardaespaldas, entre otros. Estos grupos operaban de forma paralela a las fuerzas de seguridad y ejecutaban a quienes consideraran simpatizantes o miembros de la guerrilla.

Buscaban hacer la guerra de la misma forma que la hacía la guerrilla. Su modo de operar consistía en publicar listas negras de sus objetivos y luego ejecutarlos. López de la Torre (2018) los describe así:

[los escuadrones de la muerte son] fuerzas represivas que operan al margen de la ley. Su estructura organizativa es informal y clandestina, con la intención de proteger la identidad de sus miembros durante el ejercicio de sus operativos [...]. Así, al terror de la izquierda revolucionaria se contrapuso el terror anticomunista de la «ultraderecha», de la cual los escuadrones, irónicamente, eran su rostro más visible pese a la clandestinidad. (163-180)

Según algunos historiadores, entre 1966 y 1971 surgieron alrededor de 35 de estas organizaciones. Las más conocidas eran Mano Blanca, Ojo por Ojo y el Consejo Anticomunista de Guatemala —CADEG—. Parece que la existencia de estos grupos fue posible gracias al artículo 154 del Código Penal, el cual permitía a finqueros, administradores o representantes legales portar armas y participar con las fuerzas de seguridad en el combate del crimen. Algunos autores, como López de la Torre, argumentan que su origen es institucional, por pertenecer al mismo esquema de defensa de seguridad nacional establecido por el Gobierno. Por ejemplo, la Mano Blanca surgió en el seno del Ejército, entre 1966 y 1968, con la colaboración de algunos civiles. Sin embargo, al intensificar su actividad violenta, el Ejército decidió eliminar a su líder, Raúl Lorenzana.

Al analizar a estos cuerpos clandestinos, parece claro que se enfocaban en la eliminación selectiva y violenta de los colaboradores y simpatizantes de la guerrilla. Se centraban en el componente civil de las organizaciones. Así, dejaban el combate militar de la guerrilla a las fuerzas de seguridad.

La violencia aplicada por ambas partes creó una situación extrema en el país. De acuerdo con un cable secreto del Departamento de Estado, de fecha 29 de marzo de 1968, «the society is being rent apart and polarized; [...] the pure Communist issue is thus blurred; and issues of poverty and social injustice are being converted into virulent questions of outraged emotion and “tyranny”». Las continuas advertencias de este tipo provocaron que Méndez Montenegro relevara la cúpula militar en abril de 1968. Sin embargo, a pesar de los cambios, la actividad guerrillera continuó.

En esta sección, se documentan algunos de los actos más relevantes cometidos por el Ejército y los escuadrones de la muerte, durante la primera generación de guerrillas en el país. Para conocer más sobre cada uno de ellos e informarse sobre aquellos que no se presentan en la lista, se recomienda consultar el libro Los orígenes de la Guatemala contemporánea, escrito por Rodrigo Fernández Ordóñez.

• El día antes de la toma de posesión de Méndez Montenegro, se localizaron cinco cuerpos acribillados en Amatitlán y se responsabilizó a los escuadrones de la muerte.
• Bombardeo sistemático de las montañas del nororiente del país, incluso utilizando Napalm, en 1966.
• Asesinato de Macías Mayora, hermano de César Montes, el 23 de febrero de 1967.
• Asesinato de dos personas por reclutar gente para las guerrillas, el 8 de mayo de 1967, cometido por un escuadrón de la muerte.
• Asesinato de Rogelia Cruz Martínez, acusada de pertenecer a las FAR, el 13 de enero de 1968.
• Secuestro del arzobispo Mario Casariego, el 16 de marzo de 1968, llevado a cabo por la Mano Blanca.
• Asesinato de Francisco Barreno, miembro del PGT y organizaciones sindicales, y Eligio Rodas, afiliado a las FAR, el 26 de abril de 1968 por los escuadrones de la muerte.