En mayo de 1993 se puso de nuevo a prueba el recién estrenado sistema democrático y la nueva Constitución Política. El presidente Serrano Elías tomó posesión con una minoría legislativa, lo que le obligó a buscar alianzas para empujar su agenda en el Congreso. Algunos diputados opositores se aprovecharon de esta debilidad para bloquear la agenda y chantajear económicamente al presidente para sumar votos de apoyo para sus iniciativas. De acuerdo con Rodríguez (2013), «los diputados solo alzaban la mano después de recibir una comisión o beneficio, la agenda legislativa por tanto estaba paralizada» (16).

Para no depender de los condicionamientos de los diputados, el presidente lanzó una guerra mediática en contra de aquellos que participaban en estas acciones, llamándoles «diputados depurables» y exigiendo algún tipo de referéndum revocatorio. Sin embargo, la posición del presidente no era lo suficientemente sólida, pues su apoyo popular era relativo.

La situación económica empeoraba el panorama. Para finales de 1990, la inflación alcanzó un 60 %, la más alta en la historia del país. El medio circulante aumentó en 33.9 % y las reservas monetarias internacionales netas eran negativas en USD 225.9 millones. Además, el tipo de cambio se depreció en un 47 %. El gasto público seguía creciendo sin que crecieran los ingresos, lo que aumentó el déficit fiscal. La energía eléctrica entró en racionamiento por la incapacidad de cobro de las distribuidoras estatales, lo que provocó que el Estado recurriera a fuentes presupuestarias para pagar las facturas de los consumidores. Esto ocasionó un desfinanciamiento del Estado.

La solución parcial encontrada en ese momento por el Gobierno fue permitir al sector privado generar energía para venderla al INDE y paliar un poco la crisis de oferta de energía. Ese era el campo que se peleaban los diputados para reservarse tajadas sustanciosas en contratos a largo plazo con altos precios.

El ambiente político estaba completamente crispado cuando, el 25 de mayo de 1993, el presidente Serrano Elías se dirigió a la nación con un mensaje urgente. Anunció la decisión de emitir el Acuerdo Gubernativo 1-93, que contenía las «Normas Temporales de Gobierno». Este documento aplicaba los siguientes cambios:

• anulaba la vigencia de la Constitución en varios de sus artículos;
• suspendía las garantías individuales;
• disolvía el Congreso;
• disolvía la Corte Suprema de Justicia;
• disolvía la Corte de Constitucionalidad,
• y pedía al Tribunal Supremo Electoral preparar una convocatoria para elecciones a un nuevo Legislativo y la celebración de una nueva Asamblea Nacional Constituyente. 

El presidente también dispuso la remoción de otros funcionarios, como el procurador general de la Nación y el procurador de los Derechos Humanos. En respuesta inmediata, el ministro de Trabajo presentó su renuncia y siguieron su ejemplo los embajadores de Guatemala en los Estados Unidos y en México. A las 10:00 de la mañana, compareció de nuevo Serrano Elías y aseguró que sus acciones eran en defensa de la democracia y que no ocuparía el poder ni un día más del periodo para el que fue electo.

Mientras se emitía el mensaje presidencial, las casas del presidente de la Corte Suprema de Justicia, Juan José Rodil; del presidente del Congreso, José Lobo Dubón; y del procurador de los Derechos Humanos estaban rodeadas por agentes de la Policía Nacional y de la Guardia de Hacienda, con órdenes de arrestar a los funcionarios.

El Ejército, por su parte, destacó carros blindados y tropas militares para rodear los edificios públicos más importantes y las sedes de los principales medios de comunicación. Tropas militares ocuparon también los alrededores de la USAC, en prevención de manifestaciones estudiantiles. Tropas de la brigada militar Mariscal Zavala, con equipo completo de combate, tomaron posiciones para defender el Palacio Nacional y la Casa Presidencial. El Gobierno envió censores a las redacciones de los diarios escritos, a los noticieros radiales y a la televisión para impedir la transmisión de noticias sobre el golpe de Estado.

Para sorpresa del presidente Serrano, la Corte de Constitucionalidad decidió defender el Estado de derecho. De acuerdo con Papadópolo (1995), «ese mismo 25 de mayo [...] declaró la inconstitucionalidad del Derecho que contenía las “Normas Temporales de Gobierno” [...] por ser totalmente violatorios a la Constitución» (3). El 29 de mayo, el Tribunal Supremo Electoral se negó a atender las instrucciones de preparar nuevos comicios electorales y de realizar una consulta popular para la aprobación de las pretendidas reformas constitucionales.

El clima de oposición empezó a sembrar la duda en toda la jerarquía militar, que creía que el apoyo inicial del Ejército al presidente le podía cobrar factura a la institución cuando se retomaran las negociaciones de paz. Los temores se concretaron cuando la URNG emitió un comunicado condenando la militarización del Estado y denunciando que el golpe de Serrano era una muestra más de la total sujeción del poder civil al militar. De esta cuenta, el apoyo militar empezó a trastabillar y varios oficiales se movilizaron para buscar una salida a la crisis política desencadenada por el mismo presidente.

Ya con información de primera mano, el presidente Bill Clinton realizó una declaración pública condenando las acciones de Serrano, calificándolas de ilegítimas y señalando que se convocaría de forma inmediata a una reunión de la OEA para determinar los pasos a seguir. México y los países centroamericanos se sumaron a las condenas y exigieron al presidente revertir las medidas tomadas y restaurar el orden constitucional.

Por su parte, el coronel Otto Pérez Molina buscó apoyo en el mundo civil. Concertó una cita con el industrial Juan Luis Bosch, quien también buscaba apoyo para tomar una decisión correcta para salir de la crisis. Esta reunión fue determinante para que se creara la llamada Instancia Nacional de Consenso —INC—, que empezó a diseñar una salida institucional al golpe de Estado. El INC «fue clave, porque allí estaban los sindicatos [...]; los grupos de Derechos Humanos [...]; las cooperativas [...]; los políticos y los del CACIF. Esta amplia representación de la sociedad civil se puso de acuerdo en los pasos a seguir para devolverle la democracia a la nación» (Figueroa 1999).

El sábado 29 de mayo, el secretario general de la OEA, Joao Baena Soares, aterrizó en Guatemala. Por la noche, el presidente Serrano se reunió con los miembros de la misión de la OEA y explicó que las causas de su decisión eran el narcotráfico y la corrupción. La misión de la OEA, en cierta forma, actuó como intermediaria no oficial entre los distintos sectores que se reunieron con ella, transmitiendo las posiciones de cada grupo, facilitando el consenso y la identificación de intereses comunes.

El 30 de mayo, los representantes del CACIF, de los sindicatos y organizaciones populares, y de los partidos políticos se reunieron con oficiales del Ejército y algunos funcionarios del Gobierno, para buscar una salida a la crisis. Al día siguiente, la Corte de Constitucionalidad emitió una resolución en la que requería el apoyo de los ministerios de Gobernación y Defensa. El 1 de junio, «ocho oficiales de la Dirección de Inteligencia llegan a una conclusión en la oficina de Otto Pérez, su jefe: Serrano no puede seguir siendo presidente. Las consecuencias pueden ser funestas para el Ejército. Encabezados por Pérez, se encaminan los ocho [...] al despacho del subjefe del Estado Mayor de la Defensa» (Font 1994, 5) para convencerlo de la imposibilidad de mantener el apoyo al Gobierno.

Mientras tanto, en Casa Presidencial, Serrano y un grupo de diputados trataron de cambiar la situación. Ofrecieron Q80 000 a cada diputado que aceptara declarar una amnistía y restituir la situación a como estaba antes del 25 de mayo. Sin embargo, el Ejército, fuera de su ministro de la Defensa y de su jefe del Estado Mayor, había decidido obedecer las órdenes de la Corte de Constitucionalidad. El subjefe del Estado Mayor de la Defensa coincidió con los ocho oficiales y juntos se dirigieron al despacho del general Roberto Perussina, jefe del Estado Mayor, para comunicarle la decisión.

Para entonces, Serrano ya sabía que había perdido la partida. Los rumores de que los oficiales habían decidido arrestarlo llegaron a sus oídos. La llegada de los oficiales al despacho del jefe del Estado Mayor desató una ola de suposiciones que alertaron de un golpe de Estado. Perussina, atinadamente, logró calmar los ánimos y, tras discutir la situación con sus subalternos, se la comunicó al ministro de la Defensa. Este, a su vez, le comunicó la situación al jefe del Estado Mayor Presidencial, pidiéndole que comunicara al presidente Serrano que, a partir de ese momento, ya no contaba con el apoyo del Ejército. En consecuencia, «Serrano fue recluido en el área privada de la residencia oficial, sin acceso al radio o a los teléfonos» (Font 1994, 5). Al día siguiente, 2 de junio, «Serrano, su esposa y sus cinco hijos fueron conducidos al aeropuerto militar de la ciudad de Guatemala donde abordaron un avión de la fuerza aérea salvadoreña. A invitación del presidente de El Salvador, Serrano y su familia permanecieron temporalmente en ese país, como huéspedes del gobierno» (McCleary 1999, 265).

Mientras tanto, los magistrados de la Corte de Constitucionalidad fueron llamados al Palacio Nacional e instalados en el despacho del viceministro de la Defensa. Ahí, se dispusieron a redactar los documentos jurídicos necesarios para regresar al orden constitucional. Momentos después, se publicó un comunicado del Ejército en el que se hacía de conocimiento general que se había acatado la orden de la Corte de Constitucionalidad.

Las consecuencias del serranazo dentro del Ejército no se hicieron esperar y tensaron las relaciones entre los mandos hasta niveles peligrosos. El ministro de la Defensa ordenó la destitución de todos los oficiales superiores de la Unidad de Inteligencia por insubordinación. De esta cuenta, Pérez Molina, Mario Mérida y otros nueve oficiales fueron transferidos fuera de la ciudad de Guatemala. Algunos oficiales destituidos salieron del país. La situación se tornó explosiva: algunos comandantes empezaron el movimiento de tropas, unos a favor y otros en contra del ministro de la Defensa. El ministro encajó el golpe, pero siguió con sus planes y convocó una reunión de comandantes en la base militar Mariscal Zavala, para que el vicepresidente Espina Salguero conversara con ellos. En esa misma reunión, destituyó al subjefe del Estado Mayor, por ser partidario de una solución al margen de Serrano Elías y Espina Salguero, desautorizando al ministro y su línea de acción.

El vicepresidente se presentó en el Congreso esa misma noche del 2 de junio para tratar de tomar posesión formal de la presidencia. Sin embargo, no se llegó al quórum mínimo necesario de diputados y no pudo tomar posesión. Los diputados del FRG, del PAN, de la DC y de la UCN boicotearon la reunión, impidiendo la cantidad de votos necesaria. Asimismo, «la Instancia Nacional de Consenso [...] manifestó su total rechazo a las aspiraciones presidenciales de Espina Salguero. Al día siguiente, 3 de junio, continuó manifestándose el rechazo generalizado de diversos sectores» (Papadópolo 1995, 5).

La Corte de Constitucionalidad tomó nuevamente las riendas de la situación e impuso una ruta de regreso al Estado de derecho. Se fijó un plazo de veinticuatro horas al Congreso para que procediera a designar un nuevo presidente que terminara los periodos constitucionales interrumpidos por Serrano. Ramiro de León Carpio, procurador de los Derechos Humanos, fue propuesto por la INC. En sesión del 6 de junio, de León Carpio fue electo y tomó posesión de la presidencia. Tras la solución de la crisis y el regreso al orden constitucional, Serrano Elías se exilió definitivamente en Panamá.