El 13 de noviembre de 1960, los soldados y policías militares del cuartel «General Justo Rufino Barrios», en la ciudad de Guatemala, recibieron la orden de empezar la sublevación. El teniente coronel Augusto Vicente Loarca, el mayor Guillermo Chicas Lemus, el capitán Arturo Chur del Cid y el teniente Marco Antonio Yon Sosa instaban a la tropa. Al mismo tiempo, militares sublevados se apoderaron de la zona militar n.o 8 «General Luis García León», en las cercanías de Puerto Barrios. Ningún otro cuerpo militar de la república se sumó al movimiento. Luego de esto, los sublevados organizaron un convoy con destino a Zacapa. Un grupo se dirigió a tomar la población de Gualán, bajo el mando del teniente Luis Augusto Turcios Lima. Los demás, más numerosos, tenían como destino la zona militar n.o 2 «Capitán General Rafael Carrera». Estos últimos lograron apropiarse de la base.

Al enterarse de la situación, el presidente Miguel Ydígoras Fuentes tomó el cuartel de la Fuerza Aérea como centro de operaciones para controlar la rebelión. Realizó tres acciones principales:

1. Envió tropas de la brigada militar Mariscal Zavala a Zacapa para recuperar la zona militar n.o 2.
2. Responsabilizó al Partido Guatemalteco del Trabajo —PGT— de estar detrás del movimiento.
3. Convocó una sesión urgente del Congreso de la República para informar sobre lo delicado de la situación y solicitar, durante 30 días, un estado de sitio. 

Mientras el presidente actuaba, su hombre de confianza, Roberto Alejos, entabló comunicación con hombres de la Agencia Central de Inteligencia —CIA— que se encontraban en el país, para informarles sobre una serie de levantamientos en todo el territorio nacional instigados por los comunistas. En respuesta, la CIA abrió una línea de comunicación directa y apoyó con aeronaves y equipo para vigilar la costa atlántica y la ciudad. Sumado a esto, el presidente requirió a la CIA poner a su disposición las tropas cubanas opositoras al régimen castrista que estaban entrenando en territorio guatemalteco para controlar la situación. En total, 218 cubanos se ofrecieron y organizaron para tomar la base militar de Puerto Barrios y apoyar al Gobierno.

El lunes 14 de noviembre, una fuerza de 3000 efectivos, comandada por el coronel Enrique Peralta Azurdia, recobró el control de la base militar de Zacapa. De esta manera, se cortó la comunicación con el grupo de rebeldes que tenían el control en Puerto Barrios. El jueves 17 de noviembre, el Gobierno anunció que, aunque pequeños bolsones de resistencia persistían en las cercanías de Puerto Barrios y Gualán, el movimiento había sido controlado.

La desorganización de los rebeldes se debió a que los planes del levantamiento habían llegado a oído de las autoridades, tras el fracaso en el intento de tomar la base militar de Cobán. Ante esto, el capitán Sessan Pereira decidió adelantar la rebelión militar. El plan original buscaba la toma simultánea del cuartel «General Justo Rufino Barrios», el regimiento Mariscal Zavala, el fuerte San Rafael de Matamoros, la base militar de Jutiapa y la de Puerto Barrios. La prisa no permitió coordinar todas las operaciones pensadas.

El fracaso del movimiento militar del 13 de noviembre de 1960 se puede resumir en cuatro razones:

1. al adelantar el movimiento, no se pudo coordinar adecuadamente la participación;
2. los partidos políticos de izquierda no estaban del todo enterados, por lo que no pudieron brindar apoyo con movilizaciones;
3. los sublevados no lograron involucrar y organizar a la población de Zacapa e Izabal, y
4. el apoyo prestado por la administración del presidente Eisenhower inclinó la balanza a favor del Gobierno.

Los soldados participantes fueron enviados a la Penitenciaría Central y a 55 militares de alta graduación se les instruyó proceso por el delito de rebelión militar. De estos, 52 oficiales lograron llegar a Honduras en busca de asilo y Luis Augusto Turcios Lima, Edgar Argueta Ríos y Héctor Manuel Pérez se refugiaron en El Salvador. El ministro de la Defensa, el coronel Siguí, fue destituido y, en su lugar, se nombró al coronel Enrique Peralta Azurdia. Posteriormente, los participantes fueron amnistiados, ventaja que algunos aprovecharon para continuar su carrera militar; sin embargo, muchos oficiales jóvenes se negaron y continuaron en el exilio.

Además de los hechos, es importante conocer sus causas. De acuerdo con el general Arturo Chur del Cid, las razones del movimiento tenían que ver con temas internos del Ejército:

1. salarios atrasados de tres meses para los oficiales;
2. rivalidad entre militares de «línea» y los de «escuela»;
3. acusaciones de corrupción dentro del Gobierno, y
4. la instalación de una base de entrenamiento de tropas irregulares cubanas en el país.

El Gobierno del presidente Ydígoras empezó con un mensaje de reconciliación que proponía poner fin a la represión ideológica y política, y el regreso de los exiliados al país. Sin embargo, la violencia posterior con la que se impuso la Revolución cubana provocó preocupación entre los guatemaltecos ante el retorno de arevalistas y arbencistas que podrían promover una revolución como la de Cuba. Al tanto de esto, el discurso de Ydígoras cambió y su postura comenzó a radicalizarse. Su Gobierno prestó apoyo logístico a intentos para impedir que en República Dominicana, Nicaragua o Venezuela se dieran episodios similares al cubano. Esto provocó un clima de tensión dentro del país. El momento culminante se dio con la supuesta aparición de un submarino frente a las costas guatemaltecas. Fue esto lo que provocó que Ydígoras se volviera abiertamente anticastrista. 

En marzo de 1960, el presidente Eisenhower tomó la decisión de iniciar un programa anticastrista que incluyera la creación de una fuerza paramilitar para comenzar la guerra de guerrillas en Cuba. En un principio, se planeó utilizar las instalaciones de la zona del Canal de Panamá para entrenar a los disidentes cubanos. Sin embargo, Ydígoras ofreció el territorio de Guatemala para esas actividades. Así, se acordó utilizar una parte de la finca La Helvetia —en Retalhuleu— como campo de entrenamiento militar.

A pesar de que el Gobierno intentó mantener la presencia de los cubanos en secreto, los rumores crecieron hasta volverse una situación imposible de negar. Esto puso al límite al presidente Ydígoras, quien pidió a la CIA sacar a los cubanos de Guatemala lo antes posible. La movilización de los cubanos fuera del territorio nacional se realizó el 10 de abril de 1961. En ese momento, el contingente paramilitar alcanzaba ya los 1400 hombres. La indignación de que el territorio guatemalteco fuera utilizado para entrenar a una fuerza extranjera para intervenir en Cuba provocó descontento dentro del Ejército guatemalteco, sobre todo entre los oficiales jóvenes. Estos últimos simpatizaban con la Revolución cubana y resentían las intervenciones de Estados Unidos en Latinoamérica, sobre todo después de la experiencia de Guatemala en 1954. La situación se sumó a la lista de inconformidades que terminaron por promover la creación de la Hermandad del Niño Jesús y la rebelión militar del 13 de noviembre de 1960.

La situación de inestabilidad política que se vivía tanto en el Gobierno como en el Ejército también tuvo su reflejo en sectores de la sociedad civil. Un fenómeno generalizado en toda América Latina fue el surgimiento de un estudiantado altamente politizado e interesado en generar cambios políticos y sociales. En el caso de Guatemala, es relevante narrar los hechos de marzo y abril de 1962. La crisis inició el 1 de marzo con un acto simbólico. Una delegación de la Asociación de Estudiantes Universitarios —AEU— colocó en la puerta del Congreso una corona fúnebre, expresando el duelo por la desaparición de la autonomía del poder legislativo y el fin del Estado de derecho en el país. Esta demostración se dio tras las elecciones legislativas de medio término —en diciembre de 1961—, durante las cuales el fraccionamiento de los partidos políticos no permitió hacer frente a las candidaturas oficiales. Cuando los resultados favorecieron al partido oficialista, fueron rechazados por la oposición, que denunció fraude.

En pleno estado de sitio y en medio de una atmósfera de tensión política, la organización de estudiantes de secundaria, el Frente Unido del Estudiante Guatemalteco Organizado —FUEGO— organizó una manifestación en contra de Gran Bretaña por el diferendo de Belice. Aprovechando los sucesos, los oradores denunciaron el fraude electoral e hicieron un llamado a desconocer al Gobierno. La organización alegaba lo mismo que la AEU: fraude electoral por parte del régimen de Ydígoras.

El 7 de marzo, se celebró la Asamblea General de la AEU. En esta se acordó hacer un llamado a un paro general de actividades para el 9 de marzo, como protesta por el fraude electoral. FUEGO decidió sumarse. Un día después, las autoridades cortaron los teléfonos de la ciudad para que los estudiantes no pudieran coordinarse. También se movilizaron 80 agentes y 20 vehículos, que realizaron batidas en contra de los líderes estudiantiles. En este ambiente, el 9 de marzo se dieron los primeros enfrentamientos entre la policía y los estudiantes.

La intensidad de los enfrentamientos aumentaba cada vez más. El 13 de marzo, muere por heridas de bala el dirigente de la AEU, Marco Antonio Gutiérrez Flores. Ese mismo día, los estudiantes de los establecimientos públicos salieron a reforzar las barricadas y a lanzar objetos filosos a los automóviles. La policía intentó contener la situación con gas lacrimógeno y disparos al aire. Para el 16 de marzo, los periódicos ya hablaban de varios muertos y cerca de 150 heridos. El movimiento fue cobrando tal importancia que paralizó políticamente al gobierno de Ydígoras. Este respondió incrementando la represión.

El análisis de los sucesos de 1962 permite identificar dos fases de las jornadas:

1. durante la primera fase, en marzo, la movilización fue exclusivamente estudiantil;
2. durante la segunda fase, en abril, se incorporaron nuevos actores, como sindicatos, organizaciones profesionales gremiales y algunos partidos políticos.

Durante la segunda fase, se desplazó el liderazgo de la AEU y el movimiento comenzó a radicalizarse. Se emitió una publicación de cambios que debían exigirse, como la renuncia de Ydígoras, la disolución del Congreso, el regreso a la Constitución de 1945 y la implementación de una reforma agraria y una reforma urbana. Esta postura radical fraccionó el movimiento. La Juventud Patriótica del Trabajo —JPT—, brazo juvenil del PGT, se fue quedando sola en la dirección de las manifestaciones.

Una de las principales consecuencias de las acciones estudiantiles fue la militarización del gabinete de Ydígoras, a quien se le exigió mano dura para controlar la situación. Sumado a esto, las jornadas estudiantes de marzo y abril de 1962 también provocaron un cambio en la posición de muchos militantes de izquierda, quienes empezaron a considerar viable que, para un cambio político verdadero, fuera necesario recurrir a la violencia.

La noche del 30 de marzo de 1963, el Ejército, bajo el mando del coronel Enrique Peralta Azurdia, asumió el gobierno de la República, tras una prolongada crisis social y política que había acompañado al presidente Ydígoras Fuentes. El movimiento militar no se había desarrollado antes, porque existía disenso entre los mandos militares y contención por parte de John O. Bell, embajador de Estados Unidos en Guatemala. 

Las acciones tuvieron dos detonantes inmediatos:

1. el descubrimiento de un supuesto complot comunista;
2. el retorno a Guatemala del expresidente Juan José Arévalo, con el fin de participar como candidato en las elecciones presidenciales de ese año.

La inquietud que provocó el anuncio del regreso de Arévalo, tenía varios orígenes:

1. en primer lugar, algunos temían el regreso a la retórica de confrontación y desafío a los que se oponían a la interpretación personal de la Revolución de Octubre que el presidente impulsó durante su mandato; 
2. en segundo lugar, se ventiló nuevamente el controversial asesinato del coronel Francisco Javier Arana;
3. por último, se desconfiaba de la candidatura, porque era producto de un «entibiamiento» del régimen, lo cual ponía en peligro los esfuerzos realizados en el combate al comunismo.

El 10 de abril de 1963, el nuevo Gobierno emitió el Decreto Ley Número 8, Carta Fundamental de Gobierno, que contenía la visión del Ejército para interrumpir el gobierno de Ydígoras. En este se desarrollaban una serie de declaraciones para sustituir el texto constitucional de 1956 y preparar el camino para una nueva Constitución. Con el golpe de Estado, se llevaron a cabo distintas acciones:

1. se disolvió el Congreso;
2. se emitió la Ley de Defensa de las Instituciones Democráticas, en la cual se prohibía toda clase de entidades de ideología comunista en el país;
3. se crean los delitos de sabotaje y de terrorismo por actividades en contra del Estado y se remiten a la jurisdicción de los Tribunales Militares de la República.

El golpe de Estado cerró los espacios políticos para la participación de una izquierda democrática y frenó el proceso de revisión y separación de los principios revolucionarios de las ideas del comunismo guatemalteco. Este cierre tuvo como consecuencia la radicalización de la sociedad, lo que en muy poco tiempo llevó a la violencia.